پدر ایشان جناب حاج میرزا یوسف از دلباختگان آستان و ولایتمدار ، حضرت سیدالشهدا بودند . شیخ جعفر بعد از فقدان پدرشان تحت کفالت و سرپرستی مادر بزرگوارشان آن بانوی علویه قرار گرفتند.

در همان ابتدای طفولیت ضمیر پاک و روشن ایشان محل الهامات و مشاهده ی انوار و عنایات اهل بیت (ع) قرار می گیرد . در اوایل سن پنج سالگی در عالم رویا مشاهده می کند از جانب آسمان منبری از نور تا کنارش برپا شده و وجود مقدس بی بی دو عالم حضرت زهرا (س) تشریف می آورند و او را مورد نوازش  و مهربانی قرار داده و با دست مبارکشان بر سر و صورت او می کشند .

ایشان نقل می فرمودند : من در همان آغاز نوجوانی شروع به تهذیب نفس و خودستازی و تقویت اراده نمودم و در قبرستان متروکه ی شهر تبریز که یکی از قبرستان های بسیار مخوف ایران به شمار می رود ..... قبری حفر نموده و در آن شب را تا به صبح به اعمالی که در فکر و ذکر خلاصه میشد سپری می نمودم و چون بسیار دوست داشتم به بینوایان و مستمندان کمک کرده سعی بسیار می نمودم تا معمای لا ینحل کیمیا به دست من حل گردد  لذا قسمتی از سرمایه ی پدری را در این راه صرف نمودم ولی به نتیجه ای نرسیدم اما چون این کوشش من همراه با توسلات شدید بود یک روز که مشغول انجام ترکیبات شیمیایی بودم ناگهان سروش آسمانی به من ندا داد :

جعفر ، کیمیا ، محبت ما اهل بیت است ، اگر به دنبال آن هستی قدم بگذار و ثابت باش !